spojením dvou různých aminokyselin mohou vzniknout dva různé dipeptidy
záleží na pořadí, ve kterém jsou aminokyseliny uspořádány
tj. která je donorem karbonylu a která je donorem aminu
$AB$ a $BA$
spojením tří různých aminokyselin může vzniknout šest různých tripeptidů
$ABC,ACB,BAC,BCA,CAB$ a $CAB$
vzhledem k tomu, že existuje dvacet proteinogenních aminokyselin a uspořádání může být jakékoli, existuje téměř neomezené množství různých kombinací peptidů
za první aminokyselinu řetězce je považována ta, ve které zbyla aminoskupina
